Ben puisque les deux sont sur le parcours, l'un ou l'autre c'est pareil il me semble ? Et au niveau taille de la ville, elles m'ont l'air grandement équivalentes. Regarde aussi les possibilités de retour en fonction de ton planning, puisque tu vas devoir arriver et repartir par le même port. Toulon et Nice sont accessibles aussi par le train, ça t'autorise d'autres possibilités encore.
Pour Aleria, de Zonza la version plaine c'est : col de Bavella, la nationale du bord de mer pendant 4 km (inévitable), puis à Travo tu prends à gauche la D545 qui t'amène par Abbazia et Ghisonaccia-Gare (attention, c'est pas Ghisonaccia qui est sur la route principale, c'est un hameau qui est une dizaine de kilomètres plus loin sur la route de Ghisoni) et tu rejoins la route de Pietroso. Tu tournes à droite, et tu retombes sur la nationale, et tu es à 4 km d'Aleria. C'est de la plaine, c'est sûr, mais en prenant cette petite route, ça t'évite un tronçon indigeste de 30 km sur la nationale.
Tu peux aussi aller de Zonza à Aleria par la montagne. A Zonza tu vas vers Quenza, Serra di Scopamène, Aullène, col de la Vaccia, Zicavo, Cozzano, Col de Verde, Ghisoni. A Ghisoni si tu es chaud, tu peux rajouter la boucle col de Sorba (mon préféré en Corse), Vivario, Murracciole, col d'Erbajo, Vezzani, Pietroso, Maison-Pierraggi et tu finis tout droit jusqu'à la nationale. Sinon, de Ghisoni, tu descends vers Ghisonaccia, mais là aussi il faudra qu'à un moment tu rejoignes cette route de Pietroso, soit après le défilé de l'Inzecca (prendre à gauche à l'auberge juste après le défilé) en passant par le (petit) col de Cardo, soit un peu plus loin, à Saint-Antoine, en tournant à gauche vers Maison-Pierraggi.
Si tu prends ce parcours (en faisant la boucle par Vivario), je vois pas trop ce que tu gagnes à éviter Aleria, tu évites une vingtaine de kilomètres de plat mais bon c'est vite passé. Enfin, à toi de voir jusqu'à quel point l'homologation ACP ne t'intéresse pas.